Durch Ausscheidung von organischen Säuren (vor allem a-Oxoglutar- und Zitronensäure, aber auch Isocitronen- und cis-Aconitsäure) und anderen Stoffwechselprodukten können Schimmelpilze Korrosionsspuren auf der Oberfläche von Aluminium, Kupfer, Eisen und Blei hervorrufen. [9], [20] Schäden durch Bakterien können beträchtliche Ausmaße an eiserne Rohre und anderen Geräten annehmen. Diese werden durch Eisen- und Schwefelbakterien hervorgerufen, das sind Korrosionen, Verstopfungen der Leitungen durch Zellmassen von Sphaerotilus, Denitrifikanten, Desulfurikanten, Pseudomonaden u.a. [19] Ebenso werden einige Bakterien industriell für Erzaufarbeitung zum Beispiel Kupfer, Mangan und anderes eingesetzt. [136] Ein Problem stellen schwermetallbelastete Böden dar. Bisher mussten die kontaminierten Bodenschichten großflächig abgetragen werden. Einer kostengünstigeren Alternative sind Bodenbakterien, die eine Resistenz gegenüber Nickel, Cadmium, Chrom oder Kupfer aufweisen. "Es wurden mehrere Stämme gefunden, die die genannten Schwermetalle aus dem Boden aufnehmen und in ihren Zellen speichern können. Damit sind die Schwermetalle in den Mikroorganismen gebunden und können nicht mehr mit dem Sickerwasser in Flüsse und Grundwasser gelangen oder von Pflanzen aufgenommen werden." [140]
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